Svého nejvýraznějšího úspěchu dosáhl jako trenér v 63 letech, kdy s Viktorií Plzeň získal mistrovský titul (umístění v žebříčku Top 50 zde).
Bývalý brankář působil dlouhá léta v pozici asistenta, spolupracoval zejména s Jozefem Jarabinským, s nímž zamířil dokonce na angažmá do Číny. S klubem Tianjin Teda tamní ligu vyhráli.
Koubek se pak osamostatnil, s Čáslaví vyhrál druhou ligu, ale klub postup do nejvyšší soutěže odmítl. S Baníkem Ostrava následně sahal (neúspěšně) po titulu, s Mladou Boleslaví skončil čtvrtý.
Divně skončilo jeho angažmá ve Slavii, kde byl odvolán po prvním jarním kole, protože moc v klubu dočasně přebíral management ruského zájemce o koupi klubu.
V srpnu 2014 převzal Koubek tým Viktorie Plzeň a dovedl ho k mistrovskému titulu a k úspěchu v českém Superpoháru. Na západě Čech ale v srpnu 2015 skončil, května 2016 do dubna 2017 vedl celek Bohemians Praha 1905.
