Losování 3. kola se původně uskutečnilo ve středu, kvůli chybě při nasazení týmů se ale dnes opakovalo. Na nedodržení rozpisu soutěže si stěžovala Zbrojovka Brno, která se chybně ocitla mezi nenasazenými celky a los jí přisoudil prvoligovou Plzeň. FAČR se ve čtvrtek za chybu omluvila, řídící orgán soutěže se nakonec po právní konzultaci rozhodl losování opakovat.
Ve 3. kole zasáhne do MOL Cupu zbylá pětice prvoligových klubů: úřadující mistr Sparta, Slavia, Plzeň a Bohemians 1905 coby účastníci letošní kvalifikace evropských pohárů, Liberec jako vítěz ligové nadstavbové skupiny o umístění z minulého ročníku.
Slavia si měla původně zahrát v Mariánských Lázních, místo toho zamíří do Kroměříže. Nováčkovi druhé ligy patří deváté místo. Duel bude pikantní tím, že kroměřížský klub se jmenuje Hanácká Slavia a používá červenobílé logo s hvězdou a sešívané dresy.
Spartu místo pražského derby se Žižkovem čeká aktuálně osmý celek druhé nejvyšší soutěže Líšeň. Týmy se v domácím poháru utkaly v září 2021, tehdy Pražané rovněž v utkání 3. kola zvítězili na půdě brněnského celku 3:0.
Plzeň v souboji dvou Viktorií vyzve v současnosti druhý tým divizní skupiny A Mariánské Lázně. Vedle Plzně čeká z ligových celků divizní soupeř ještě na Liberec, který se představí v Kladně.
Druholigového protivníka budou mít ve 3. kole z ligových mužstev ještě Hradec Králové, Mladá Boleslav, Slovácko, Olomouc, Teplice a České Budějovice. Na tým z třetí nejvyšší soutěže narazí Jablonec, Bohemians Praha 1905, Ostrava a Zlín. Pardubice si na soupeře ještě musejí počkat, Velvary s Vlašimí zkompletují 2. kolo 20. září. Brněnská Zbrojovka se v souboji dvou druholigových mužstev představí v Opavě.
Úředním hracím dnem 3. kola je středa 27. září, některé zápasy se ale jako obvykle s největší pravděpodobností budou hrát v jiných dnech. Z MOL Cupu v této sezoně zatím vypadl jeden prvoligový klub: nováček nejvyšší soutěže Karviná nestačila na třetiligový Uničov, který nyní přivítá Zlín. V minulém ročníku poháru Slavia v pražském finále zvítězila 2:0 na Spartě.
