Hlavní sudí Petr Ardeleanu nesprávně posoudil zákrok Václava Procházky na Michaela Ngadeua v 36. minutě jako faul a odpískal pokutový kop, z nějž záložník Pražanů Tomáš Souček otevřel skóre. Slávisté ve finále před týdnem porazili Baník 2:0 a získali double.
Ostravský Procházka ve vlastním vápně jemně sáhl v souboji na rameno Ngadeua, jenž upadl. Ardeleanu k velké nevoli Slezanů nařídil penaltu a verdikt nijak nezměnilo ani video, u kterého při finále seděl jako hlavní Miroslav Zelinka.
Výrok rozlítil i ostravského kapitána Milana Baroše, jenž byl mezi náhradníky. Druhý nejlepší střelec v historii české reprezentace dostal mimo hřiště od Ardeleanua červenou kartu za to, že v návalu vzteku poškodil střídačku. Baník neuspěl s protestem proti hráčovu vyloučení a Baroš vynechal nedělní poslední zápas ligové nadstavby v Plzni.
V případě penalty však komise rozhodčích na rozdíl od Barošovy červené karty dala za pravdu Baníku a jeho majiteli Václavu Brabcovi, podle něhož byli Slezané poškozeni.
"Bohužel se nemohu zbavit jednoho silného dojmu, že nás rozhodčí několika verdikty výrazně poškodil. Penalta neměla být odpískána. Při jejím zahrávání navíc hráč Slavie vběhnul do pokutového území, měla být tedy opakována. A vrcholem bylo celé to vyústění, kdy byl po obrovské křivdě v tak důležitém utkání vyloučen Milan Baroš," uvedl mimo jiné Brabec na klubovém webu.
Výraznou chybu s velkým dopadem na výsledek a dokonce konečné pořadí ligy udělali také rozhodčí v závěrečném kole nadstavby v Ďolíčku. Za stavu 1:0 pro Opavu v 82. minutě asistent sudího Miroslav Fišer chybně odmával ofsajd při brance hostujícího Filipa Součka. Bohemians 1905 místo toho ve čtvrté minutě nastavení srovnali na 1:1, udrželi 13. místo a poslali tím do baráže Příbram.
V závěrečném kole nadstavby poškodili rozhodčí ve skupině o záchranu také Karvinou na Slovácku. Asistent Radim Dresler po hodině hry špatně odmával ofsajd při dorážce hostujícího Vojtěcha Waly. Domácí nakonec zvítězili 2:0.