Významně se podílela především na odhalení systematického porušování pravidel v ruském sportu před zimními olympijskými hrami v Soči 2014 či dopingového skandálu v ruské atletice.
Koordinace boje s dopingem zůstává i nadále hlavním posláním WADA, která vznikla 10. listopadu 1999.
Impulzem k jejímu založení byla aféra během cyklistické Tour de France 1998, kdy byl pár hodin před startem slavného etapového závodu zadržen člen doprovodu stáje Festina s velkým množstvím anabolických steroidů a látky EPO v autě.
To vedlo k rozsáhlému policejnímu vyšetřování. Festina byla z Tour vyloučena a několik jezdců potrestáno zastavením činnosti.
V únoru následujícího roku uspořádal Mezinárodní olympijský výbor v Lausanne velkou konferenci, která dala vzniknout nezávislé instituci na celosvětový boj s dopingem.
Světová antidopingová agentura byla založena v listopadu téhož roku, o tři roky později se přestěhovala z Lausanne do Montrealu, kde sídlí dodnes.
V březnu 2004 odsouhlasili představitelé sportovních federací, národních olympijských výborů a zástupci více než 70 vlád antidopingový kodex, který WADA vypracovala s cílem sjednotit pravidla v posuzování dopingu ve všech sportech.
V kodexu je kromě seznamu zakázaných látek zavedeno pravidlo, že za užití steroidů a dalších "tvrdých" prostředků bude provinilec potrestán zákazem činnosti na čtyři roky bez ohledu na odvětví.
Zhruba polovinu příjmů WADA zajišťuje její hlavní iniciátor MOV, na jejím financování se podílejí i vlády jednotlivých členských zemí. Peníze jsou využívány k výzkumu, vzdělávání, vyšetřování dopingových kauz nebo k uchovávání vzorků.
V čele WADA nyní stojí Polák Witold Baňka. Prvním prezidentem WADA byl Kanaďan Dick Poud, následovali Australan John Fahey a Brit Craig Reedie.
Největší výzvou, jaké musela WADA za 25 let své existence čelit, byl ruský dopingový skandál, jenž vypukl v roce 2015.
Aféra, do které bylo zapleteno množství sportovců, trenérů a funkcionářů, vyústila v suspendaci ruské antidopingové agentury RUSADA, odebrání akreditace moskevské laboratoře a řadu dalších opatření.
