Dvaadvacetiletý Vacek a o devět let starší Laporte zůstali v čele osamoceni poté, co se jich zhruba 22 km před cílem na rozbahněné cestě neudržel Vackův dánský kolega z týmu Lidl-Trek Mads Pedersen.
Dvojice pak spolupracovala až do cíle a nedala pelotonu šanci na dostižení.
V cílové rovince bronzový medailista z letošních olympijských her a bývalý vicemistr světa a mistr Evropy nastoupil Vackovi z prvního místa a český cyklista už síly na jeho předjetí nenašel.
"Měl lepší spurt, já na víc dnes neměl. Chrisovi gratuluju, jsem spokojený s tím, jak to dnes dopadlo," uvedl Vacek na týmovém webu.
Letošní mistr republiky v časovce si připsal páté druhé místo v sezoně, dvě nejcennější vybojoval v srpnu na Vueltě.
Zároveň Vacek vylepšil na tradičním francouzském závodě šestou pozici Petra Vakoče z roku 2020.
"Znovu druhý… Samozřejmě jsem trochu zklamaný, ale blížíme se. Do další sezony půjdu s velkým sebevědomím," řekl účastník olympijských her v Paříži.
Spurt hlavní skupiny o třetí příčku vyhrál Belgičan Jasper Philipsen.