Santana musel ukončit trenérskou kariéru v roce 1996 poté, co utrpěl mozkovou mrtvici. Před třemi lety mu lékaři amputovali levou nohu pod kolenem, protože mu končetina kvůli neprůchodnosti žil odumírala. Slavný kouč se proslavil jako vyznavač útočného fotbalu. Na šampionátu v roce 1982, kde pod jeho vedením zazářily hvězdy jako Zico, Socrates, Falcao, Junior či Eder, ale Brazílie kvůli chabé obraně neuspěla. O čtyři roky později v Mexiku ztroskotali jeho svěřenci ve čtvrtfinále v penaltovém rozstřelu na Francii. V 90. letech Santana trénoval Sao Paulo, s nímž vyhrál dvakrát po sobě Pohár osvoboditelů i Interkontinentální pohár. Působil i u dalších předních brazilských klubů Fluminense, Flamengo, Palmeiras a Gremio.