Guerrero nastupoval za Bilbao, kam přišel jako osmnáctiletý mladík v roce 1992, po celou dobu svého působení v lize a odehrál za něj více než 400 utkání. Zúčastnil se také světového šampionátu 1994. V národním týmu odehrál 41 zápasů, naposledy reprezentoval v roce 2000 proti Rakousku. Prezident španělského klubu Fernando Lamikiz oznámil, že bývalý kapitán zůstane u baskického týmu jako trenér dorostenců.