Třiatřicetiletý francouzský fotbalista si proti svým novým spoluhráčům zahrál semifinále Ligy mistrů, v němž se z postupu radoval Arsenal. Krátce poté španělský klub oznámil, že Pirese angažuje pro novou sezonu. V tomto ročníku španělské ligy obsadil Villarreal sedmou příčku a přes Pohár Intertoto může proniknout do Poháru UEFA.