Losování osmi pětičlenných skupin začne ve švýcarském Nyonu ve 12:00. Čtyřicítka klubů, které uspěly v prvním kole, bude na základě koeficientů v žebříčku UEFA rozdělena do pěti košů, z každého z nich bude ve skupině jeden zástupce. Týmy z jedné země na sebe nemohou narazit.
Nejvýše z trojice českých reprezentantů bude Sparta, která bude pravděpodobně nasazena do druhého koše. Vyhne se tak ve skupině mimo jiné Glasgow Rangers. Liberec, který postoupil přes Crvenou Zvezdu Bělehrad, by měl být v třetím koši společně například s dalším bělehradským týmem Partizanem, Besiktasem Istanbul či Espaňolem Barcelona.
Mladá Boleslav, která překvapivě vyřadila Marseille, bude v pátém koši stejně jako přemožitel pražské Slavie Tottenham. Oficiálně ještě UEFA rozdělení týmů do jednotlivých losovacích košů nezveřejnila.
Každý klub odehraje ve skupině dva zápasy na domácím hřišti, s dvěma soupeři se utká venku. Program základních skupin začne 19. října a skončí 14. prosince. Z každé skupiny postoupí dál tři mužstva.
Předpokládané rozdělení do košů:
1. koš: Sevilla, Newcastle, Panathinaikos Atény, Parma, Ajax Amsterodam, Leverkusen, Feyenoord Rotterdam, Auxerre.
2. koš: Sparta, Bruggy, Basilej, Alkmaar, Glasgow Rangers, Celta Vigo, Paris St. Germain, Lens.
3. koš: Liberec, Besiktas Istanbul, Palermo, Espaňol Barcelona, Heerenveen, Partizan Bělehrad, Rapid Bukurešť, Wisla Krakov.
4. koš: Fenerbahce Istanbul, Austria Vídeň, Hapoel Tel Aviv, Pamplona, Blackburn, Grasshoppers Curych, Dinamo Bukurešť, Livorno.
5. koš: Mladá Boleslav, Tottenham, Maccabi Haifa, Braga, Nancy, Frankfurt, Waregem, Odense.