Pozdější sprinterskou hvězdu Jonesovou Hunter poznal na univerzitě, kde hrála basketbal a on byl trenér vrhačů. Kvůli jejich vztahu musel vysokou školu opustit. V roce 1998 se s Jonesovou oženil, ale manželství vydrželo jen čtyři roky.

Mezitím ukončil Hunterovu kariéru dopingový skandál, když měl před olympijskými hrami 2000 v Sydney pozitivní test na nandrolon. O několik let později začal spolupracovat s vyšetřovateli, kteří se zabývali dopingovou aférou kolem laboratoře BALCO. Ta se stala v roce 2003 centrem dopingového skandálu kolem vývoje a používání anabolického steroidu tetrahydrogestrinonu (THG).

Hunter vypovídal i proti své bývalé manželce Jonesové, kterou nařkl z dopingu před OH v Sydney i přímo při nich. Tam Jonesová získala tři zlaté a dvě bronzové medaile. Úspěšná sprinterka a dálkařka Jonesová dlouho užívání zakázaných látek popírala, ale v roce 2007 se přiznala, že v letech 2000 a 2001 dopovala. Medaile ze Sydney musela vrátit stejně jako stříbro a bronz z MS 2001 v Edmontonu.